U Vrhovnom javnom tužilaštvu obrazovana su sledeća odeljenja: Krivično odeljenje, Odeljenje za borbu protiv korupcije, Građansko-upravno odeljenje, Odeljenje za međunarodnu saradnju i pravnu pomoć, Odeljenje za visokotehnološki kriminal, Odeljenje za javnotužilačku praksu, Odeljenje analitike i informatike i Odeljenje za odnose sa javnošću.