U Sekretarijatu se obavljaju stručni, administrativni i tehnički posovi koji se odnose na poslove vršenja tužilačke uprave, ostvarivanja prava iz radnog odnosa, vođenje kadrovske evidencije, staranje o izvršavanju operativnih zaključaka Vrhovnog javnog tužioca, pripremanje predloga Programa rada Sekretarijata.

Poslovima u Sekreterijatu rukovodi Gordana Samarxić, sekretar Vrhovnog javnog tužilaštva. U okviru Sekretarijata postoje unutrašnje organizacione jedinice – Služba opštih poslova, pisarnica i daktilobiro.

U Službi za opšte poslove obavljaju se stručni, administrativni i tehnički poslovi u vezi finansijsko-analitičkih i računovodstvenih poslova, informacionih poslova, poslova tehničkog održavanja opreme i nabavke osnovnih sredstava i sredstava za potrebe ekonomata, bibliotekarski poslovi, priprema predloga Programa rada službe za opšte poslove.